Un bambino di cinque anni, Sōsuke, salva una pesciolina intrappolata in un barattolo di vetro, Ponyo. Figlia di uno stregone, la pesciolina si trasforma in un’umana, aizzando l’ira del padre. Così, la casa di Sōsuke viene circondata dall’oceano, e i due bambini dovranno superare una prova per liberare il villaggio.